มี Magi Craft Meister เพียงหนึ่งเดียวในโลก หลังจากการตายของ Meister คนสุดท้ายเมื่อหนึ่งพันปีก่อน Jin Nidou ถูกส่งตัวไปยังโลกอื่นเพื่อที่จะทำตามความประสงค์ของเธอ หลังจากได้รับความรู้เกี่ยวกับ Magi Craft Meister จินพยายามใช้ประตูวาร์ป แต่มันทำงานผิดปกติจึงพาเขาไปยังสถานที่ที่ไม่มีใครรู้จัก นอกจากนั้นออโตมาตะที่เพิ่งบูรณะยังใช้ประตูวาร์ปเพื่อค้นหา “พ่อ” ของเธอ ดังนั้นการเดินทางสร้าง Magi Craft Meister ใหม่จึงเริ่มต้นขึ้น!